Omikron-variantti näyttää olevan pelottavan paljon tarttuvampi kuin viruksen aiemmat variantit. Niinpä siitä tulee todennäköisesti nopeasti yleisin virusmuoto.
Tämä on ymmärrettävää, mutta kun sanotaan, että omikron syrjäyttää delta-variantin, tarkoitetaan ilmeisesti, että se kääntää delta-variantin leviämisen laskuun. Millä mekanismilla se oikein tapahtuu?
Jos jollain rajatulla alueella on kettupopulaatio, joka elää syömällä paikallisia kaneja ja jostain ilmestyy isompi, vahvempi ja nopeampi ketturotu, vanha saa väistyä, koska isommat syövät niiden ruuan. Näin ei kuitenkaan kävisi, jos ruokaa olisi rajattomasti. Silloin sitä riittäisi kaikille, isoille ja pienille ketuille.
Oikeastaan omikron voi hidastaa delta-variantin leviämistä vain silloin, kun ne yrittävät tunkeutua samaan yksilöön. Kun sairastuneiden määrät ovat korkeintaan joitakin prosentteja, hidastusvaikutusta ei pitäisi juurikaan olla. Omikronin pitäisi siis tulla delta-variantin lisäksi eikä sen sijalle.
Mutta kuitenkin tiedämme, että delta-variantti aikoinaan nimenomaan syrjäytti muut variantit painaen ne lähes nollaan. Tässä on jotain outoa. Kun jokin ei noudata mallia, vika on (tietysti) mallissa.
Keksin vain kaksi selitystä.
1) Virusta on ympäristössämme paljon enemmän tarjolla kuin tartuntojen määrästä voisi päätellä. Niinpä delta kohtaa omikronin paljon useammin kuin tartuntojen perusteella voisi päätellä. Tähän suuntaan viittaa käsitys alle 15 minuutin ”turvallisesta” altistusajasta. Viruksia on siis ympärillämme paljon enemmän, mutta pienet virusmäärät eivät pysty tunkeutumaan läpi ensilinjan puolustuksen. Jos näin ei olisi, jokainen minuutti altistusta olisi yhtä vaarallinen, eikä mitään turvallista rajaa olisi.
2) Tartunnalle alttiita ihmisiä on paljon vähemmän kuin kuvittelemme. Käsitteet supertartuttajat tai supertartuntatilanne vähän viittaavatkin tähän.
Tässä on jotain, jota en ymmärrä.
Voisiko selitys olla niin yksinkertainen, että delta-variantti pakotti yhteiskunnat (ja ihmisten varovaisuuden) sen verran leviämistä rajoittavaan elämäntapaan, että deltaa aikaisempien varianttien leviämisluku R painui alle 1:n, varsinkin kun leviämistä heikensi myös samaan aikaan noussut rokotuskattavuus (joissain maissa taisi vaikuttaa vähän myös se, että sairastaneitakin on yli 10% väestöstä).
Jos Suomessa rokotuskattavuus + varotoimet + ihmisten omaehtoinen varovaisuus on nyt sillä tasolla että delta-variantin leviämisluku R on tienoilla vähän yli 1 mutta alle 1.5, niin deltaa heikommin leviäviävien aikaisempien varianttien R on varmaankin alle 1, joten niiden tartuntalinjat ovat sammuneet ihan iksekseen.
Tällöin ei tarvitsisi olettaa jotain suuria tuntemattomia ja näkymättömiä vaikutuksia, kuten sinun arvauksissasi.
Sanan saman vielä lyhyemmin: Jos delta-variantin tartuttavuusluku R on tänä syksynä Suomessa ollut korkeimmillaan 1.25 [1], ja jos deltan tartuttavuus on 50% suurempi [2] kuin edellisen valtavariantin alfan, niin tämänsyksyisessä suomalaisessa yhteiskunnassa alfan R olisi 0.83. Eli alfa on hiipunut pois, koska sen tartuttavuus on liian heikko, suhteessa Suomen rokotuskattavuuteen ja rajoitteisiin ja ihmisten omaehtoiseen varovaisuuteen.
Miksi näin yksinkertainen selitys ei kelpaa Osmolle?
[1] https://www.epidemia.fi/ennuste/
[2] https://en.wikipedia.org/wiki/SARS-CoV-2_Delta_variant#Transmissibility
Deltan tulo ei Suomessa muuttanut ihmisten toimintaa oikeastaan mitenkään, mutta niin se vain syrjäytti muut variantit hetkessä.
Delta tuotiin jalkapallopeleistä Pietarissa tilanteessa, jossa epidemia oli muuta hiljaisessa vaiheessa. Toisin sanoen, kilpailua oli hyvin vähän ja tartunnat laskussa valmiiksi.
Antaako deltan sairastaminen immuniteettiä alfalle ja betalle? Tästä muistelen nähneeni aika vähän ja ainakin jossain määrin ristriitaista tietoa. Alfan ja betan korvautumisen voisi selittää se, että delta on levinnyt tehokkaammin ja antaa immuniteettia aikaisemmille varianteille. Tosin alfan tai betan sairastaneiden prosenttiosuudet väestöstä ovat sen verran pieniä, että tämäkin teoria taitaa ontua.
En ole nähnyt edes arvailuja siitä, antaako omikron immuniteettiä deltalle. Muistaakseni olen nähnyt alustavia tuloksia joiden mukaan deltan sairastaneiden immuniteetti omikronille on merkittävästi alempi kuin uudelle deltainfektiolle. Jos omikron ei synnytä immuniteettia deltalle, en näe mitään perustetta odottaa, että omikron syrjäyttäisi deltaa. Omikron-tartunnat leviävät toki paljon tehokkaammin kuin deltat, jolloin siis niiden prosenttiosuus kaikista tartunnoista kasvaa nopeasti. Jos deltainfektioiden lukumäärä aidosti laskee samalla kun omikroninfektioiden lukumäärä nousee, on kyse todellisesta syrjäyttämisestä. Epäilen, että tämän asian arvioimiseen ei ole vielä tarpeeksi dataa.
“Delta tuotiin jalkapallopeleistä Pietarissa tilanteessa, jossa epidemia oli muuta hiljaisessa vaiheessa. Toisin sanoen, kilpailua oli hyvin vähän ja tartunnat laskussa valmiiksi.”
Delta oli jo kasvamassa valtavariantiksi ennen kuin jalkapalloturistit toivat sitä suomeen.
Jostain syystä yleinen käsitys on, että nimen omaan jalkapalloturistit toivat sen.
Lisäksi sama kehitys (delta syrjäytti muut variantit) havaittiin jotakuinkin kaikissa pohjoisen pallonpuoliskon maissa kevään ja kesän 2021 aikana. En usko, että johtui Suomen jalkapallofaneista.
Onko muuten kukaan missään koskaan esittänyt 15:n minuutin “turvalliselle” altistusajalle mitään tieteellisiä näyttöä?
“Onko muuten kukaan missään koskaan esittänyt 15:n minuutin “turvalliselle” altistusajalle mitään tieteellisiä näyttöä?”
On tuon rajan taustalla tieteellisten tutkimusten taustaa. 15 minuutin rajaa kansainvälisesti vuonna 2020 asetettaessa taustalla oli mm. tutkimus Pringle JC, Leikauskas J, Ransom-Kelley S, et al. : “COVID-19 in a Correctional Facility Employee Following Multiple Brief Exposures to Persons with COVID-19 — Vermont, July–August 2020”. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2020;69:1569–1570.. Vuoden 2020 jälkeenkin 15 minuutin rajasta on pidetty kiinni. Mutta ei asia toki niin ole, että jos on vaikkapa sekunnin sen alle jossakin, niin riski olisi olennaisesti erilainen. Riskikäyrä on tilastollinen, jatkuva käyrä. Johonkin raja on pitänyt vetää, joka on selkeä ja helppo muistaa. Vuonna 2020 päädyttiin 15 minuutin rajaan ennemmin kuin 10 minuutin tai 20 minuutin rajaan. 14 tai 16 minuurin rajoja ei taidettu edes harkita, koska ne olisi koettu turhan hankaliksi ihmisille muistaa. Neljännestunti on ajateltu helpoksi rajaksi myös muistaa.
3) ihmiset ovat tartuttavia oletettua vähemmän aikaa, ja/tai viruksen immuunipuolustuksen läpäisykyky on ollut yllättävän heikko. Virukselle alttiita ihmisiä on rajallisesti alttiina..
Kettuihin viitaten, kaneja on paljon, mutta ne ovat vahvoja ja nopeita. Heikot kanit on tähän mennessä jo syöty, ja heikommat ketut pärjäävät vain, jos kaneja tuodaan paljon tarjolle (ihmisten käyttäytymisen rohkaistuminen), mutta vahvat ketut saavat kiinni terveempiä ja voimakkaampiakin kaneja (uuden variantin tartuttavuus on heikompi)
Voimme myös syöttää kaneille valkosipulia, mikä tekee niistä vähän pahan makuisia, ja vaikka kettu sellaisen hampaisiinsa saisikin, niin vain näykkäisee.
Ainakin #1. Ja myös #3: liikkuvuus ja toimet määräytyvät nopeimmin leviävän variantin mukaan eli deltalle r1.
Kommenttini ei jostakin syystä tullut tarkoitetussa muodossa. Eli tarkoitin sitä, että liikkuvuuden ja toimien määräytyessä omicronin mukaan, tarkoittaa tämä deltan osalta sitä, että sen tartuttavuusluku (r0-luku) jää alle yhden, jolloin tässä mielessä omicron tosiaan syrjäyttää sen.
Rajoitukset tai muu käyttäytyminen on se mekanismi. Tarttuvampi variantti tuottaa ympäristön jossa vähemmän tarttuvan R jää alle yhden. Jos ei tuottaisi, enemmän tarttuva leviäisi meille liian nopeasti.
Eiköhän altistumisen “turvallinen” raja ole ihan vaan tilastollinen suure. Eli jokaisella yksittäisellä vastaan tulevalla virusyksilöllä (joita siis leijailee ilmassa miljoonittain joka paikassa) on jokin pieni todennäköisyys päästä läpi, ja varttitunnissa keskimääräisellä altistumisella kumulatiivinen todennäköisyys pysyy siedettävän pienenä.
“kun sanotaan, että omikron syrjäyttää delta-variantin, tarkoitetaan ilmeisesti, että se kääntää delta-variantin leviämisen laskuun.”
Valitettavasti kielenkäyttö aiheen ympärillä ei ole kauhean täsmällistä, mutta ainakin osa ennusteista tämän suhteen taitaa viitata lyhyellä aikavälillä deltan syrjäyttämiseen dominoivana varianttina (ts. omikronin ilmaantuvuus väestössä on suurempi kuin deltan), eikä vielä välttämättä deltan absoluuttisen ilmaantuvuuden alenemiseen.
Pidemmällä aikavälillä omikronin mahdollinen nopeampi kierto väestössä todennäköisesti alkaa myös vaikuttaa deltan absoluuttiseen ilmaantuvuuteen (olettaen että sen sairastaminen toivottavasti muodostaa hyvän immuunivasteen muita variantteja vastaan). Ja jos omikronin nopea leviäminen johtaa ihmisten kontaktien vähenemiseen (vapaaehtoisesti tai virallisten rajoitusten kautta), tämä puree myös muihin liikkeellä oleviin variantteihin.
“Mutta kuitenkin tiedämme, että delta-variantti aikoinaan nimenomaan syrjäytti muut variantit painaen ne lähes nollaan. Tässä on jotain outoa.”
Muistaakseni monessa Euroopan maassa (ja erityisesti Israelissa) nuo muut variantit olivat jo vauhdilla menossa kohti nollaa ennen kuin delta-variantti iski viime kesänä (Intiassa delta sen sijaan ehti tehdä tuhojaan jo pari kuukautta aiemmin). Tähän ilmaantuvuuden alenemiseen lienee vaikuttanut:
1.) rokotusasteen nousu rokotteiden saatavuuden parantuessa loppukeväästä ja rokotusten eteneminen työikäiseen väestöön
2.) sairastamalla saadun immuniteetin lisääntyminen väestössä
3.) se kuuluisa vuodenaikavaihtelu eri osatekijöineen
Kesän jälkeen väestön immuniteetti on edellen kehittynyt rokotusten (ja sairastamisen kautta), ja syksyllä käyttöön otetut rajoitukset deltan leviämisen rajoittamiseksi purevat tietysti myös aikaisempiin variantteihin (jos niitä on vielä jäljellä).
kun..siis vastaus on..että virukset erittäää interferonii..joka tappaa kilpailevat virukset, tästä syystä ihmisellä on harvoin kahta eri virus tautia, sama näissä eri korona varianteissa
Hieno homma. Milloin biologisen “interferoni”-viruslääkkeen tuotanto alkaa?
Virukset ei tietenkään eritämitään koska niillä ei ole aineenvaihduntaa. Virushyökkäyksen kohteeksi joutunut solu saattaa erittää interferonia jolla se signaloi interferonilla muille soluilla joka käynnistää puolustreaktion ja saattaa estää viruksen tunkeutumisen soluun.
Interferonista odotettiin joskus ‑70 luvulla antibioottien kaltaista ihmelääkettä. Näin ei käynyt ja siihen on montakin syytä. Mutta on interferoni pohjaisia lääkkeitä ja varmaan joku on kokeillut sellaisia tähänkin tautiin
https://www.covid19treatmentguidelines.nih.gov/therapies/antiviral-therapy/interferons/
Voisiko ajatella, että deltan leviämistä hidastaa eritoten immuunipuolustus, jota rokotukset vielä tehostavat: immuunijärjestelmä tuhoaa deltan nopeammin kuin omikronin, jolloin omikron saa kilpailuedun ja sen suhteellinen osuus runsastuu populaatiossa. Tätä puoltaisi se, että omikronilla on piikkiproteiinissaan yli 30 uuttaa mutaatiota. Piikkiproteiinin avulla virus pääsee solun sisään ja toisaalta piikkiproteiini on juuri se antigeeninen rakenne johon immuunipuolustus reagoi.
Influessa A ‑virusten evoluutiota on tutkittu pitkään, sillä jo 60-luvulta lähtien pakastettuja näytteitä on myöhemmin pystytty geenisekvensoimaan. On selvinnyt, että myöhemmät viruskannat ovat toisilleen hyvin läheistä sukua eli evolvoituneet yhteisestä kantamuodosta. Matkan varrella on kyllä syntynyt lukuisia muitakin virusvariantteja, mutta ne ovat kohdanneet sukupuuton umpikujan. Evolutiiviset muutokset ovat kohdistuneet juuri influenssan piikkiproteiinia vastaavaan pintarakenteeseen mikä mahdollistaa immuunipuolustuksen ohittamisen. Korona todennäköisesti noudattaa samaa kaavaa.
“Omikron-variantti näyttää olevan pelottavan paljon tarttuvampi kuin viruksen aiemmat variantit. Niinpä siitä tulee todennäköisesti nopeasti yleisin virusmuoto.”
Miksi pitää kirjoittaa tällaista pelottelutekstiä, kun alustavasti näyttää siltä, että omikron aiheuttaa lievää tautimuotoa. Näyttää itseasiassa hyvin toiveikkaalta. Jos omikronin aiheuttama tauti on lievää ja se syrjäyttää deltan, tulee covid-19 ‑tartunnasta yhtä vakava kuin tavallisesta flunssasta. Sen lisäksi omikron toimii myös “rokotteena”, jos se leviää laajalle, ja täten antaa suojaa mahdollisia tulevia muunnoksia vastaan.
On hyvin tavanomaista, että virukset muuttuvat ajan myötä helpommin leviäviksi, mutta niiden aiheuttama tauti lievemmäksi. Vielä meillä ei ole omikron-variantista riittävästi dataa, että voitaisiin sanoa näin, mutta toiveikkaalta näyttää.
JK:
“Miksi pitää kirjoittaa tällaista pelottelutekstiä, kun alustavasti näyttää siltä, että omikron aiheuttaa lievää tautimuotoa. Näyttää itseasiassa hyvin toiveikkaalta. Jos omikronin aiheuttama tauti on lievää ja se syrjäyttää deltan”
Mihin dataan tämä oikein perustuu? Vai perustuuko siihen, että tauti on rokottamattomille yhtä vakava, mutta aiheuttaa myös nuhan tuplarokotetuilla? Jos se sairastuttaa myös rokotetut ja jo aiemmin sairastaneet, se voi ihan hyvin olla jopa vaarallisempi kuin ennenkin, mutta olla keskimääräistä tartuntaa kohden aikaisempaa lievempi. Silloin taudin lievyys on vain optinen harha, joka johtuu siitä ett sen sairastaa nekin, joilla on jo hyvä suoja.
“Vielä meillä ei ole omikron-variantista riittävästi dataa, että voitaisiin sanoa näin, mutta toiveikkaalta näyttää.”
Nähdäkseni terveydenhuollola ei pitäisi pelata upporikasta ja rutiköyhää, joten varovaisuusperiaatteen mukaan täytyy olettaa sen olevan vähintään yhtä vaarallinen kuin delta.
Hypoteesia 1) tukee kesällä 2020 Espanjassa tehdyt havainnot joiden mukaan kuolleisuus ja taudin vakavien tautimuotojen ilmaantuvuus oli vähäisempää niillä seuduilla jonne epidemia ei ollut saapunut kertarysäyksellä. Mahdollinen selitys on että niin suuri osa ihmisistä on altistunut virukselle s.e. sairastumiskynnys ei ole ylittynyt, että immuunipuolustuksen saama “etukäteisvaroitus” pystytään jälkikäteen tilastollisesti havaitsemaan.
Hypoteesi 2) pitäisi määritellä paremmin. Jos uskotaan että virusten kohtaamista (kantajissa) tapahtuu niin paljon että dominoiva variantti vaihtuu, pitää “tartunnalle alttiita” olla enemmän kuin sairastuneita. Ehkä pitäisi sanoa että sellaisista virukselle altistuneista, joille altistus aiheuttaa fysiologisia muutoksia (immuunipuolustus toimii ja saa oletettavasti aikaan dominoivan variantin vaihtumisen), sairastuneiden osuus on pienempi kuin kuvittelemme.
OT: Long Covidista on paljon subjektiivisia ja objektiivisia havaintoja, mutta kun verrokkiryhmäksi on valittu Covidia ei-sairastuneet, tilastollista merkittävyyttä on ollut vaikea löytää. Entäpä jos oireita aiheuttaakin paljon kuviteltua suurempi immuunipuolustuksen kohtaama stressi (koska kuviteltua suurempi virusaltistus), ja oireet ovat epäspesifejä, koska ilmiötä sattuneesta syystä tunnetaan huonosti.
Onkohan tuo “syrjäyttäminen” vain vaikutelma joka tulee jos katsotaan kuvaajaa, jossa on tartuntojen suhteellinen osuus varianteittain?
Esim. https://www.businessinsider.com/covid-19-variant-overtook-south-african-province-2-weeks-chart-2021–11?r=US&IR=T
Jos katsoo kuvaajaa, jossa on esim. Etelä-Afrikan absoluuttiset tapausmäärät varianteittain, ei ainakaan minulle synny vaikutelmaa, että variantit syrjäyttäisivät toisiaan. Lähinnä vaan ilmenevät eri aikaan eri suuruisina aaltoina.
Ks. esim toinen kuvaaja tällä sivulla:
https://www.ft.com/content/b8ca4536-07b2-463f-bb44-8159aaec89ab
Suomessa ajaettiin alas sekä testaaminen että maskien käyttö, vastaavasti kuntien kyky hoitaa rokotuksia oli niin surkea, että ihmisiä ei tavoitettu. Saa nimittäin olla tosssaan, jos haluaa saada minkään rokotuksen.
Skotlannista saadaan kylmääviä tietoja ja UK:n hallituksen kriisiryhmä (COBRA) on jo kokoontunut. Täällä vielä mennään kuin mitään ei olisi tapahtunut, aikaa on enää muutama päivä tehdä jotain.
1% last week Nov
2% Sunday 5th Dec
4% Tuesday 7th
7% Wednesday 9th
15.5% Friday 11th
Doubling time 2–2.5 days!
Tanska on ollut verrokkimaa, sielläkin on jo eksoponentiaalinen kasvu käynnissä.
Ilmeisesti sekä testaus että sevensointi on Suomessa jo jumissa, joten kuulemme yllätyksestä noin viikossa. Samalla MaRa tulee kertomaan, kuinka ikäviä rajoitukset ovat ja esiintyvillä taitelijoilla on paha mieli. No, sitää saa mitä tilaa.
(Paljon tartuntoja) x (lievä tauti) –> sairaaloissa on jouluna täyttä, kun virus saavuttaa vain kahteen kertaan rokotetut ikäihmiset. Kaikkialla muualla maailmassa lieväoireiset testaamattomat lapset tartuttavat rokotettuja vanhempiaan, jotka tartuttavat isovanhemmat, joilla rokotussuoja on hiipunut.
Englannissa rokotusväli on nyt jo 3 kk, ainakin yritetään — ja Suomessa 2. rokotukset ovat jo menettäneet tehonsa yli 65-vuotiailla. Suomi on edelleen Euroopan hitain antamaan 3. rokotuksia.
Jos aiemmat tartunnat eivät suojaa omikronilta niin laumasuojaa saa odottaa. Jos kolmas rokotuskerta toimii, hyvä. Vaikka sairaanhoito kestäisi niin laajat sairaspoissaolot työelämästä sotkevat taloutta reippaasti.
Suomessa on jotenkin keskustelussa pidetty yllä virallista optimismia. Siihen oli ehkä aihetta ennen deltan tuloa. toisin uusia muunnoksia on lähtenyt leviämään noin neljän kuukauden välein. Valitettavasti tässä poliitikkojen on tehtävä nopeita liikkeitä. Samoin 300 kuntaa jokainen joutuu todellakin poinnistelemaan, jotta tästä selvitään. Toivottavasti onnistuu.
“(Paljon tartuntoja) x (lievä tauti) –> sairaaloissa on jouluna täyttä, kun virus saavuttaa vain kahteen kertaan rokotetut ikäihmiset. Kaikkialla muualla maailmassa lieväoireiset testaamattomat lapset tartuttavat rokotettuja vanhempiaan, jotka tartuttavat isovanhemmat, joilla rokotussuoja on hiipunut.”
Näinhän on joka vuosi käynyt influenssan kanssa.
Tässä on kyse ekologisesta käsitteestä “syrjäyttävän kilpailun periaate”. https://en.wikipedia.org/wiki/Competitive_exclusion_principle
Parasitismi on kilpailua ja kun useampi laji kilpailee täsmälleen samasta ekologisesta lokerosta, niin toinen laji ei pysy elossa ellei se pysty muuttamaan lokeroaan eli erikoistumistaan.
Tämä periaate ei aina, osin tuntemattomista syistä, toimi kaikissa tapauksista. Viruksiin se sen sijaan jostain syystä tuntuvat toimivan hyvin: tehokkaammin leviävä viruskanta tukahduttaa nopeasti heikommin leviävän. Syinä ehkä viruksen elinkierron luonne (elottomuus isäntäsolun ulkopuolella) ja infektoituneen isännän eristäytyminen, jota myös sairastamiseksi kutsutaan.
Tämä ei ehkä ratkaise ongelmaa sen syvimmässä merkittevyyksissä, mutta
ainakin antaa osviittaa mistä ratkaisuja kannattaa lähteä etsimään.
Kyllä eri hengitystieviruksia on silti useita erilaisia, kiertoon on palannut taas liuta vanhoja tuttuja. Koronavarianttien välisessä kilpailussa merkitsee immuniteetti: jos on sairastanut yhden ei enää niin hyvin levitä toista.
Korvaantumisessa sinänsä ei ole mitään ihmeellistä. Kun toisella risti-immunisoivalla variantilla on parempi tarttuvuus, sukupolvien aikaskaalan ollessa päiviä eksponentiaalifunktiot alkavat näkymään äkkiä. Olen varma, että jossain päin nettiä on tästä visuaalinen havainnollistus jossa parametrejä voi säätää, mutta en juuri nyt löydä sellaista.
Mutta kuten Osmo kirjoitti, kilpailulla ei ole niin paljon väliä jos tartunnat ovat hyvin harvassa. Todennäköisin selitys lieneekin testattuja tapauksia suurempi levinneisyys. Ja keskenään keskimääräistä seurallisemmat väestöryhmät.