Kategoria: Covid-19

Covid-19: miten uusi variantti pystyi nujertamaan vanhan?

Viimeis­te­len muis­telmi­ani. Tänään oli vuorossa Covid-19 pan­demia. Siihen liit­tyy ilmiö, joka ei sovi minus­ta malli­in. Kun havain­not ja malli ovat ris­tiri­idas­sa, vika on yleen­sä mallissa.

Virus muun­tui koko ajan parem­min tart­tuvak­si, kuten oli ennustet­tavis­sa. Täl­löin uusi vari­ant­ti syr­jäyt­ti van­han, mikä tun­tuu ymmär­ret­tävältä, mut­ta onko se sitä silti?

Olete­taan, että ensin on vari­ant­ti A, joka lev­iää maltil­lista nopeut­ta. Sanokaamme, että sen r‑luku on 1,5. Yksi sairas­tunut tar­tut­taa siis keskimäärin 1,5 uutta.

Sit­ten ilmestyy vari­ant­ti B, jon­ka r‑luku on 2 eli se lev­iää selvästi nopeam­min ja muut­tuu val­taviruk­sek­si. Vari­ant­ti A katoaa nopeasti.

On ymmär­ret­tävää, että B lev­iää A:ta nopeam­min, mut­ta mil­lä lihak­sil­la se saa A:n katoa­maan? Ymmärtääk­seni A:n r‑luku on yhä läh­es 1,5. Sen pitäisi siis jatkaa lev­iämistään läh­es entiseen tahti­in. Tah­tia hidas­taa vain se, että jois­sakin harv­inai­sis­sa tapauk­sis­sa henkilö, jon­ka se voisi tar­tut­taa, on jo saanut vari­antin B. Kos­ka tar­tun­nan saanei­ta on vain muu­ta­ma pros­ent­ti väestöstä, eikö A:n pitäisi lev­itä läh­es samal­la nopeudel­la kuin aiem­min? Siis siihen saak­ka, että B:n sairas­tanei­ta on huo­mat­ta­va osa väestöstä, tässä kuvit­teel­lises­sa tapauk­ses­sa joka kol­mannes, kos­ka r‑luku las­kee 1,5:stä alle yhden. Jat­ka lukemista “Covid-19: miten uusi vari­ant­ti pystyi nujer­ta­maan vanhan?”

Covid-19 tulee taas

Covid-19 tapauk­set ovat olleet ympäri Euroop­paa selvässä kasvus­sa viime viikkoina. Ohes­sa on kuva viral­lis­es­ti rek­isteröi­tyneistä tar­tun­noista viikon aikana maanan­taista maanan­tai­hin suh­teutet­tuna maan asukaslukuun.

Pieni varoi­tus tilas­to­jen luotet­tavu­ud­es­ta. Määrät ovat kaikissa mais­sa vah­vasti alakant­ti­in, kos­ka kotitestien tulok­sia ei kir­ja­ta mihinkään – tosin tässäkin saat­taa olla vai­htelua maid­en välil­lä. Suomen luvut ainakin ovat merkit­tävästi alakant­ti­in juuri tästä syystä.

Voidaan kuitenkin olet­taa, että kunkin maan luvut ovat ver­tailukelpoisia muu­ta­ma kuukausi aiem­pi­in lukui­hin näh­den eli että harha on jok­seenkin vakio. Sen sijaan maid­en väliset ver­tailut ovat ongel­mallisia. Ensin ajat­telinkin julk­ista luvut indek­seinä, mut­ta siinä olisi tul­lut ongel­mak­si indek­si perusa­janko­hdan val­in­ta, sil­lä tar­tun­nois­sa käänne ylöspäin ajoit­tui eri mais­sa eri ajanko­hti­in. Jat­ka lukemista “Covid-19 tulee taas”

Mitä ajattelen koronasta huhtikuussa 2022

Epi­demi­olog­it ennus­ti­vat pari vuot­ta sit­ten, ettei Covid-19 pan­demi­aa pystytä pysäyt­tämään, vaan se läpäisee koko väestön niin, että enem­mistö ihmi­sistä sairas­tuu. Näin ei käynyt sil­loin, mut­ta omikron vari­ant­ti on läpäis­syt väestön jo mon­es­sa maas­sa ja läpäisee lopuis­sakin. Mon­et maat ovat luop­uneet yri­tyk­sistä rajoit­taa tautia.

Niin on luop­unut Suomikin, vaik­ka sitä ei ääneen san­o­takaan. Tar­tun­to­ja on enem­män kuin koskaan, ja jok­seenkin kaik­ki rajoituk­set puret­tu. Jat­ka lukemista “Mitä ajat­te­len koronas­ta huhtiku­us­sa 2022”

On aika varustautua seuraavaan pandemiaan

Kir­joitin Verde-lehteen varus­tau­tu­mis­es­ta seu­raavaan pandemiaan.

Covid-19 epi­demia ei tai­da tästä muuk­si muut­tua. Se on saatu roko­tuk­sil­la paine­tuk­si kohta­laisen vaarat­tomak­si — tapauskuiolleisu­us rokotet­tu­jen kesku­udessa on pieni mur­to-osa siitä mitä se oli kak­si vuot­ta sitten.

Rokot­ta­mat­tomille tau­ti on yhä vaar­alli­nen, mut­tas se on oma valinta.

Kuole­mak­si koron­avirus voi muo­dos­tua yhä niille iäkkäille, joil­ta läh­estyvä kuole­ma on tuhon­nut immuunipuolustusjärjestelmän.Tosin mikä muu infek­tio hyvän­sä voisi olla tap­pa­va. Korona on vienyt tilaa keuhkoku­umeelta van­huk­sen viimeisenä sairaut­e­na. Jat­ka lukemista “On aika varus­tau­tua seu­raavaan pandemiaan”

Nollatoleranssi murtui

Masen­tavien Ukraina-uutis­ten lomaan kat­saus koron­aan, kos­ka sil­läkin rin­ta­mal­la tapah­tuu iso­ja asioita.

Koron­akeskustelus­sa mon­et otti­vat ihan­nemaik­seen taudin tukah­dut­tamiseen tähdän­neet maat, joina mainit­ti­in aluk­si Islanti, Etelä-Korea, Kiina, Sin­ga­pore ja eri­tyis­es­ti Uusi-Seelanti.

Islanti ja Sin­ga­pore siir­tyivät taval­lis­ten maid­en joukkoon jo aiem­min, mut­ta viime viikkoina tar­tun­to­jen määrä on suo­ras­taan roi­hah­tanut Etelä-Kore­as­sa, Hongkongis­sa ja eri­ty­ses­ti Uudessa-Seelannissa.

Uudessa-See­lan­nis­sa, jos­sa tar­tun­nat oli­vat aiem­min käytän­nössä nol­las­sa, oli viimeisen seit­semän päivän aikana yli satatuhat­ta rek­isteröi­tyä tar­tun­taa. Edel­lisen seit­semän päivän jak­sol­la niitä oli vajaat vähän alle 16’000 eli tar­tun­to­jen määrä on yli kuusinker­tais­tunut viikos­sa. Uuden-See­lan­nin tar­tun­tamäärät ovat nyt korkeampia kuin ovat olleet Suomes­sa koskaan. Jat­ka lukemista “Nol­la­tol­er­anssi murtui”

Mitä ajattelen Covid-19 ‑pandemiasta helmikuussa 2022

Huo­mau­tan, että en ole lääkäri – tilas­toti­eteil­i­jä tosin olen – mut­ta min­ul­la on ollut etuoikeutet­tu mah­dol­lisu­us keskustel­la eri­lais­ten asiantun­ti­joiden kanssa. Yritän esit­tää väit­teitä, joi­ta ainakin merkit­tävä osa asiantun­ti­joista pitää oikeina.

Rokotteet eivät tuo laumasuojaa

Rokot­teet oli­vat toisaal­ta pet­tymys, toisaal­ta erit­täin tehokkai­ta. Ne ovat pet­tymys siinä mielessä, että ne eivät estä saa­mas­ta lievää tar­tun­taa eivätkä sen estä levit­tämästä tau­tia, joskin levit­tämi­nen vähe­nee arvi­ol­ta 80 %. (Tämä arvio on van­ha.) Sik­si ne eivät suo­jaa rokottamattomia.

Jos rokot­teet oli­si­vat estäneet myös levit­tämästä tau­tia, ei olisi niin väliä, vaik­ka kaik­ki eivät roko­tus­ta ottaisi. Epi­demia olisi hiipunut pois, kos­ka sairas­tuneen olisi ollut vaikea löytää ketään, jol­la siirtää tau­tia eteen­päin. Arvelti­in, että 80 pros­entin roko­tuskat­tavu­us riit­täisi sam­mut­ta­maan epi­demi­an, mut­ta ei riit­tänyt. Edes 100 % ei riit­täisi. Jat­ka lukemista “Mitä ajat­te­len Covid-19 ‑pan­demi­as­ta helmiku­us­sa 2022”

Epidemialainsäädäntö on pantava kuntoon

Kir­joitin Verde-lehteen pääkir­joituk­sen siitä, että vaik­ka meil­lä koron­apoli­ti­ik­ka on ollut onnis­tunut­ta, juridi­nen jäykkyys on heiken­tänyt toimen­pitei­den osumatarkku­ut­ta ja nos­tanut hin­taa huomattavasti.

Lue lisää tästä:

https://verdelehti.fi/2022/01/27/epidemialainsaadanto-on-pantava-kuntoon/

Tapauskuolleisuus Tanskassa.

Mik­si Tan­s­ka avaa maan, vaik­ka omikron riehuu? Tapauskuolleisu­u­us voi sen selittää.

Päätin kat­sel­la koro­nan tapauskuolleisu­ut­ta — siis kuin­ka paljon kuolemia on suh­teessa havait­tui­hin tar­tun­toi­hin. En tehnyt tätä Suomen tilas­toista, kos­ka meil­lä on tar­tun­to­jen määristä aika hutera käsi­tys. Eri­tyis­es­ti nyt, kun testi­in ei pääse, elleivät oireet ole vakavia, saisimme aivan väärän esti­maatin. Yliarvioisimme tapauskuolleisu­ut­ta rankasti.

Päätin käyt­tää Tan­skan tieto­ja, kos­ka Tan­skas­sa tes­tataan kaikki.

Määrit­telin tapauskuolleisu­u­den helpoim­man mukaan. Laskin tar­tun­to­jen ja kuolemien seit­semän päivän sum­man ja viivästin tar­tun­to­ja 14 päiväl­lä ajatellen, että kuole­ma seu­raa tar­tun­nas­ta keskimäärin kol­men viikon päästä ja testi­t­u­los valmis­tuu viikon päästä tar­tun­nas­ta. Jaoin kuollei­den määrän tar­tun­to­jen määräl­lä ja ker­roin tuhan­nel­la, jol­loin sain esti­maatin tapauskuolleisu­udelle promilleina. Tämä ei ehkä kel­paisi väitöskir­jas­sa, mut­ta saa kel­va­ta näin koti­ti­las­toin­ti­in. Jat­ka lukemista “Tapauskuolleisu­us Tanskassa.”

Omikronia ei saada pysäytetyksi, kannattaako edes hidastaa?

Jos halu­aisi varmis­taa, ettei tule leimatuk­si väärässä olleek­si, ei kan­nat­taisi kir­joit­taa koronas­ta juuri nyt mitään, vaan odot­taa mitä tapah­tuu ja ryhtyä sit­ten jälkivi­isaak­si. Minus­ta taas päätök­sen­teko ja vai­h­toe­hto­jen pohtimi­nen on kiehtov­in­ta sil­loin, kun epä­var­muus on suur­in­ta. Sik­si halu­an kir­joit­taa ajatuk­sis­tani juuri nyt, vaik­ka tule­vaisu­us tulee var­maankin osoit­ta­maan mon­et ole­tuk­sis­tani vääriksi.

Halu­an aluk­si korostaa, että vaik­ka tässä kir­joi­tan, että olisin toimin­ut toisin, nyt kan­nat­taa jatkaa kolme viikkoa val­i­t­ul­la lin­jal­la eikä vai­h­taa sitä enää uudestaan.

Käsi­tyk­seni perus­tuu siihen, että omikron-vari­ant­ti selvästi enem­män kuin kaksinker­tais­tuu viikos­sa nyt Uudel­la­maal­la, eikä kauan mene, kun se ottaa otteeseen­sa muunkin Suomen. Näin se on tehnyt muuallakin.

Jat­ka lukemista “Omikro­nia ei saa­da pysäyte­tyk­si, kan­nat­taako edes hidastaa?”

Millä mekanismilla omikron-variantti syrjäyttää delta-variantin?

Omikron-vari­ant­ti näyt­tää ole­van pelot­ta­van paljon tart­tuvampi kuin viruk­sen aiem­mat vari­antit. Niin­pä siitä tulee toden­näköis­es­ti nopeasti yleisin virusmuoto.

Tämä on ymmär­ret­tävää, mut­ta kun san­o­taan, että omikron syr­jäyt­tää delta-vari­antin, tarkoite­taan ilmeis­es­ti, että se kään­tää delta-vari­antin lev­iämisen lasku­un. Mil­lä mekanis­mil­la se oikein tapahtuu?

Jos jol­lain rajat­ul­la alueel­la on ket­tupop­u­laa­tio, joka elää syömäl­lä paikallisia kane­ja ja jostain ilmestyy isom­pi, vahvem­pi ja nopeampi ket­tur­o­tu, van­ha saa väistyä, kos­ka isom­mat syövät niiden ruuan.  Näin ei kuitenkaan kävisi, jos ruokaa olisi rajat­tomasti. Sil­loin sitä riit­täisi kaikille, isoille ja pie­nille ketu­ille. Jat­ka lukemista “Mil­lä mekanis­mil­la omikron-vari­ant­ti syr­jäyt­tää delta-variantin?”