Hiilidioksidipäästöt on Euroopan unionissa jaettu päästökauppasektoriin ja muihin päästöihin. Päästökauppasektoria ovat voimalaitokset ja suuret lämpökeskukset sekä pääosa teollisuudesta. Päästökaupan ulkopuolella on liikenne sähköllä kulkevaa liikennettä lukuun ottamatta. Ulkopuolella ovat maatalouden päästöt ja talokohtainen lämmitys. Kaukolämpö taas on päästökaupan piirissä ja tietysti sähkölämmitys.
Päästökauppasektorille ei ole kansallista tavoitetta, vaan pelkästään EU:n yhteinen tavoite. Tässä on se hyvä puoli, ettei tarvitse siirrellä tuotantoa maasta toiseen vain sen vuoksi, että tällä maalla on vielä kiintiöissä tilaa. Päästökaupan ulkopuolisille päästöille taas on kansalliset tavoitteet, sillä eihän vaikkapa autoilussa ole ongelmana, että joku siirtyisi autoilemaan Suomen sijasta vaikka Unkariin, koska Suomen kiintiöt ovat täynnä ja Unkarissa on vielä vähän väljyyttä. Vaikka Suomella ei siis ole mitään tavoitetta kokonaispäästöille, kokonaispäästöt kuitenkin vuosittain julkaistaan ja huomio keskittyy niihin ja vain niihin. Tilastoista on suorastaan vaikea selvittää, miten Suomi on täyttänyt lupauksensa päästökauppasektorin ulkopuolisista päästöistä.
Periaatteessa kustannustehokas ilmastopolitiikka edellyttää, että hiilidioksiditonnilla on sama hinta käyttötarkoituksesta riippumatta. Silloin toimenpiteiden voisi olettaa kohdistuvan sinne, missä euroa kohden saadaan eniten päästöjä vähennetyksi. Jos yhdessä kohteessa päästöjen hinta on selvästi suurempi kuin muissa, siihen kohdistuvia päästöjä torjutaan vimmaisesti, vaikka samalla rahalla saisi enemmän aikaa muualla. Jako päästökauppasektoriin ja muihin hiilidioksidipäästöihin on tämän periaatteen kanssa ristiriidassa.
Selitykseksi päästöjen jakamiseen kahteen sektoriin on esitetty, että pienistä kohteista on mahdoton ryhtyä mittaamaan toteutuneita hiilidioksidipäästöjä. Ei sitä auton pakoputkesta tarvitsisi mitata. Riittää, että polttoaineen valmistaja tai maahantuoja ostaa myymäänsä polttoainemäärää vastaavan määrä päästöoikeuksia.
Yhtenä selityksenä kahteen erilliseen kiintiöön voidaan ajatella taas kilpailukykyä. Päästökauppasektori toimii suurelta osin avoimessa taloudessa, toisin kuin autoilu, maatalous tai talojen lämmitys. Siksi tätä päästökaupan ulkopuolista talouden osaa on mahdollista kannustaa paljon voimakkaammin päästöjen vähennyksiin. Näin myös tehdään. Autoilijoita esimerkiksi kannustetaan vähäpäästöisyyteen polttoaineveron, ajoneuvoveron,ja autoveron kautta niin rankasti, että nämä kannustimet yhteenlaskettuna veroporkkanat vastaavat päästöoikeuden hintana automallista ja ajomääristä riippuen noin 750 euroa hiilidioksiditonnilta. Päästöoikeuden hinta on tätä kirjoitettaessa neljä euroa tonnilta ja suurimmillaankin se on ollut 30 euron tietämissä. Toisaalta maatalouden ja asuntojen lämmityksen päästöjä torjutaan paljon ponnettomammin, vaikka samaa hiilidioksidia lämmityskattilasta tulee kuin pakoputkesta.
Autojen osalta on ehkä ajateltu, että mitään tappiota kansantaloudelle ei tule siitä, että auton omistajat siirtyvät pienempiin autoihin. Niinpä voimakas yliohjaaminen on harmitonta. Näin on myös synnytetty autoteollisuudelle voimakas kannuste kehittää vähemmän polttoainetta kuluttavia autoja. Vaarana on kuitenkin tilanne, jossa autoilun aiheuttamia päästöjä vähennetään tavalla, joka lisää niitä enemmän vaikkapa auton tai akkujen valmistuksessa, koska ajon aikana syntyvät päästöt maksavat niin valtavasti enemmän kuin auton valmistuksessa syntyvät.
EU asetti vuonna 2005 tavoitteeksi päästökauppasektorille päästöjen vähentämisen vuoteen 2020 mennessä 21 prosentilla vuoden 2005 tasosta. Päästöoikeuksien määrä laskee tasaisesti 1,74 % vuodessa kohti tätä vuoden 2020 tavoitetasoa. Tämän lisäksi päästökauppasektorin ulkopuolisille päästöille on kansalliset tavoitteet. Suomen tavoite on alentaa näitä päästöjä 16 prosenttia vuoteen 2020 mennessä vuoden 2005 päästötasosta. Tämä tavoite on paljon vaikeammin toteutettavissa kuin tuo päästökauppasektorin tavoite.
Koska päästöoikeuksia on liikkeellä vain tuo vuosittain aleneva määrä, päästökauppasektorin päästöjen pitäisi vähentyä automaattisesti sovittu määrä. Tässä on kuitenkin merkittävä vuoto. Päästöoikeuksia voi hankkia myös niin sanotuilla joustavilla mekanismeilla. Voi esimerkiksi auttaa jotain kehitysmaata metsänistutuksessa, mikä sitoo hiiltä ilmakehästä. Nämä joustavat mekanismit vuotavat kuin seura tuoden väljyyttä päästökauppasektorin päästöihin niin, ettei sovittuihin tavoitteisiin päästäkään.
Tavoitteissa on kuitenkin pysytty enemmän kuin hyvin. Toisaalta talouden taantuman, toisaalta toteutetun ilmastopolitiikan vuoksi päästöt ovat alentuneet tavoitetta nopeammin niin, että vuoden 2012 lopussa käyttämättömiä päästöoikeuksia siirtyi seuraaville vuosille parin miljardin tonnin edestä ja päästöoikeuksien hinta on laskenut nollan tuntumaan. Tällä perusteella voi sanoa päästökaupan epäonnistuneen, koska se ei ohjaa enää mitään, tai onnistuneen erinomaisesti, koska päästöt ovat laskeneet juurin niin paljon kuin niiden piti laskea.